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普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序

普通轉(zhuǎn)錄組測(cè)序分析的研究對(duì)象為特定細(xì)胞在某一功能狀態(tài)下所能轉(zhuǎn)錄出來的所有mRNA的總和。轉(zhuǎn)錄組研究是基因功能及結(jié)構(gòu)研究的基礎(chǔ)和出發(fā)點(diǎn),通過新一代高通量測(cè)序,能夠快速地獲得某一物種特定組織或器官在某一狀態(tài)下的幾乎所有轉(zhuǎn)錄本序列信息。

技術(shù)優(yōu)勢(shì)

 ·周期短,通量高,性價(jià)比高;

 ·準(zhǔn)確的數(shù)字化信號(hào),專業(yè)的檢測(cè)通量,廣泛的檢測(cè)范圍,富涵7大功能注釋數(shù)據(jù)庫,準(zhǔn)確描述基因功能,建立差異表達(dá)分析,有效挖掘功能基因;

 ·適用于研究基因功能、信號(hào)通路、可變剪接和新轉(zhuǎn)錄本預(yù)測(cè)等問題,是研究細(xì)胞表型和功能的重要手段。

服務(wù)流程

樣本要求

樣本類型

樣本要求

保存及運(yùn)輸條件

說明內(nèi)容

新鮮組織

新鮮組織標(biāo)本(腫瘤樣本在術(shù)后30分鐘內(nèi)取得)≥50 mg(黃豆粒大小)可采用以下方法:

1.RNAlater:尤其適用于腫瘤組織,離體后于冰上快速切成小塊,組織塊直徑最好介于1-5 mm(小米至綠豆大?。?,浸泡在5倍體積的RNAlater中,充分浸潤(rùn)(最好 4℃過夜,以保證浸潤(rùn)效果),-80℃保存;如果是腫瘤樣本,應(yīng)盡可能準(zhǔn)確地判定腫瘤組織和正常組織。

2.TRIzol:在冰上快速分成小塊,組織塊直徑最好不大于5 mm(綠豆大?。┙萦赥RIzol中,凍存管或者離心管封口膜封好后送樣。

3.液氮:離體后液氮速凍充分,預(yù)冷凍存管,將組織轉(zhuǎn)移至凍存管中,液氮可長(zhǎng)期保存。

干冰運(yùn)輸

建議樣本備份1-2份,收樣后立即提取。

細(xì)胞

提取mRNA需細(xì)胞數(shù)量>5×106個(gè),lncRNA需>1×107個(gè)。

1.懸浮細(xì)胞收集用PBS緩沖液快速洗一次,每5×106個(gè)細(xì)胞加入1 mL TRIzol,用移液器吹散,溶液呈清亮不粘稠狀;-80℃保存不超過1個(gè)月;

2.貼壁細(xì)胞需將培養(yǎng)基盡量吸棄;按每10 cm2培養(yǎng)面積(相當(dāng)于六孔板一個(gè)孔或35 mm直徑培養(yǎng)皿)加1 mL TRIzol;移液器反復(fù)吹打,使TRIzol完全接觸長(zhǎng)有細(xì)胞的培養(yǎng)瓶表面,充分消化;轉(zhuǎn)移到RNase-free的離心管中,用一次性注射器反復(fù)吹打細(xì)胞直至看不見成團(tuán)的細(xì)胞塊,整個(gè)溶液呈清亮不粘稠狀,-80℃保存。

干冰運(yùn)輸

建議樣本備份1-2份,收樣后立即提取。

外周血(RNA

1.TRIzol:15 mL管中加入6 mL TRIzol和2 mL新鮮血液(TRIzol:血液=3:1),移液器吹打以幫助裂解樣品中的細(xì)胞;樣品劇烈震蕩混勻1-2 min,直到絮狀物全部溶解;室溫孵育5 min 使核蛋白體完全分解;封口膜封存,-80℃凍存。

注意:冰凍血液溶解過程中會(huì)有破碎的細(xì)胞釋放RNA酶,因此建議在冰凍前加入TRIzol,切勿直接凍存新鮮血液,保存好的血液應(yīng)避免反復(fù)凍融。離心得到白細(xì)胞或有核細(xì)胞,可加TRIzol,-80℃保存,干冰運(yùn)輸。

2. BD PAXgene Blood RNA Tube:人類血液樣本推薦使用,采集量為2 mL左右,18-25℃可保存3天,2-8℃可保存5天,-20℃或-70℃至少可穩(wěn)定50個(gè)月。

3.使用RNAlock血液RNA穩(wěn)定劑保存,新鮮抗凝血液:血液RNA穩(wěn)定劑=1:3,蓋上管蓋,上下顛倒混勻8-10次。室溫放置2 h以上后低溫保存;含有血液RNA穩(wěn)定劑的人血液樣品可在2-8℃保存5天,或在-20℃條件下至少保存三個(gè)月;含有血液RNA穩(wěn)定劑的哺乳動(dòng)物血液樣品可在15-25℃保存2天,2-8℃保存7天,或在-20℃條件下至少保存六個(gè)月。

TRIzol保存法需干冰運(yùn)輸;BD PAXgeneBlood RNA Tube 保存法可使用足量冰袋,用泡沫箱運(yùn)輸。

 

Total

RNA

總RNA溶解于DEPC水或者RNase-free的緩沖液中。總量≥2 μg;純度OD260/280≥2.0;完整性RIN≥8.0;濃度≥100 ng/μL。

使用1.5 mL或2 mL離心管盛放,用parafilm封口膜密封,然后將樣本管置于保護(hù)用的50 mL離心管或其他類似容器里,并旋緊蓋子。使用足量冰袋,用泡沫箱運(yùn)輸。

 

 

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